教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。
随着时代的变化，如今的彩色玻璃不再是教堂的专利，也不再是一种小众的装饰材料。它走进了日常生活，在现代设计师手中获得新生，也被应用在室内装饰领域中，在众多大型商场、办公领域以及家居装饰中，都获得了广泛应用。而随着玻璃制作技术的发展，炫彩玻璃和渐变玻璃也走近了我们的视野。
提及彩色玻璃，在以前色彩玻璃一般用于教堂，那时色彩玻璃是一种小众的装饰材料，很难让人将它与其景观设计联系到一起。但是随着时代的变化，如今的彩色玻璃不再是教堂的专利，它走进了日常生活，在设计师的手中获得新生近代以来，花窗玻璃彩色玻璃不仅出现在教堂，也在许多一般建筑、室内空间、产品中获得应用。
整个空间中最醒目的元素就是由彩绘玻璃装饰的空间和玻璃窗格。绿色、蓝色、橙色和红色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之间，以及楼梯空间的两侧，表现出现有木质结构的几何形状，同时彩色玻璃窗格也暗示着这里过去作为一座教堂的历史。
沙特尔大教堂的玻璃装饰是哥特式的典型，彩绘玻璃极大地增强了教堂建筑的和谐与神秘的效果，也是至今保存得最完整的彩绘玻璃画之一，以深蓝和深红为基本色调，内射入一道紫色的光