整个空间中最醒目的元素就是由彩绘玻璃装饰的空间和玻璃窗格。绿色、蓝色、橙色和红色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之间，以及楼梯空间的两侧，表现出现有木质结构的几何形状，同时彩色玻璃窗格也暗示着这里过去作为一座教堂的历史。
提到彩色玻璃，很多人可能都会想到欧洲中世纪哥特式教堂的彩色玻璃窗，比如巴黎圣母院。十二世纪时彩色玻璃随着哥特式大教堂的兴盛而兴起，彩色玻璃窗被广泛用于大教堂和教堂中。除了能增加建筑结构的美感，这时期的彩色玻璃窗也被看作是一种教育资源，可以向广大不识字的民众讲述圣经故事。
彩色玻璃窗的使用在12世纪中叶得到了普及，圣丹尼斯的修道院院长苏格被称为“彩色玻璃之父”，因为是他首次概念化地使用彩色玻璃窗来创造一种“天堂之光”，被视为上帝在教堂中的存在
抗战开始，国内的经济形势急转直下，土山湾的业务也陷入了困境之中。为了维持孤儿院的运作，土山湾各部门不断拓展业务，甚至将其产品远销至非洲各地。我们曾在土山湾出版的广告单页中看到两张为澳门教堂设计的彩绘玻璃图样，一幅是圣母圣诞主题，另一幅是耶稣圣诞主题。几年前曾有机会亲往澳门朝圣，果然在澳门的主教座堂和主教山海崖圣母堂中见到了这两幅玻璃原物。